[Rod U]

Hola, Juan Diego. Solo es necesario crear tu repositorio una vez, no importa si ya tienes creado un proyecto o apenas vas a empezar a hacerlo, claro lo más conveniente es que crear el repositorio sea de las primeras cosas a hacer, pero te repito no hay problema.

Sobre lo otro de crear uno dentro de otra carpeta, no es necesario. Solo necesitas crearlo una vez y con ello es suficiente.

Espero haberme explicado.

Si aún tienes dudas, por favor envíame un mensaje.

Saludos