[Lucas Lucyk]

Puedes leer todas las lineas almacenándolas en un iterable:
lineas = file.readlines()

Luego iteras con un for, separas con split y guardas los datos devueltos:
for linea in lineas:
_id, nombre, apellido, edad, diabetico = linea.replace(“\n”, “”).split(“;”)

Y puedes dentro del mismo for, crear los objetos Paciente y guardarlos en el diccionario data:
data[_id] = pacientes.Paciente(int(_id), …)

Luego simplemente haces el pickle.dump del diccionario data.